আবহাওয়াবিদদের মতে, এল নিনো ঘটনার বিপরীত প্রবণতা হল অল্প সময়ের মধ্যে ভারী বৃষ্টিপাত। এ ধরনের আবহাওয়া সাময়িক স্বস্তি আনে কিন্তু দীর্ঘমেয়াদে তাপমাত্রা বাড়ায়। চট্টগ্রামসহ সারাদেশে সাম্প্রতিক ভারি বর্ষণ, ভূমিধস ও বন্যা প্রমাণ করে যে, এ ধরনের অস্বাভাবিক আবহাওয়া এত বড় বিপর্যয় ঘটাতে পারে। আন্তর্জাতিক রেসকিউ কমিটি এল নিনোর প্রভাবে আগামী কয়েক সপ্তাহের মধ্যে বাংলাদেশে বন্যা, ভূমিধস এবং সংক্রামক রোগের প্রাদুর্ভাবের সম্ভাবনার বিষয়েও সতর্ক করেছে।
বাংলাদেশের কৃষি ও গ্রামীণ অর্থনীতি বর্ষা ও বৃষ্টির ওপর অত্যন্ত নির্ভরশীল। ফলস্বরূপ, এল নিনোর ঘটনাটি এই দুটি খাতে সবচেয়ে বেশি প্রভাব ফেলতে পারে। সাম্প্রতিক বন্যায় চট্টগ্রাম জেলাসহ দেশের প্রায় ৪৩টি জেলা কোনো না কোনোভাবে ক্ষতিগ্রস্ত হয়েছে। সর্বমোট ১০ লাখ হেক্টর ফসলের ক্ষতি হয়েছে। এই বন্যার কারণে আমন ধানের উৎপাদন ৩০ শতাংশ কমে যাবে বলে আশঙ্কা করছেন কৃষি অর্থনীতিবিদরা। এ ছাড়া সবজি ফসলের ক্ষতির প্রভাব পড়েছে বাজারে। শুধু কৃষিই নয়, এসব বন্যা মৎস্য ও পশুসম্পদ খাতেও মারাত্মক ক্ষতি করেছে।
এল নিনোর প্রভাবে অতি ভারী বর্ষণের হুমকির কারণে আগামী কয়েক সপ্তাহের মধ্যে দেশের বিভিন্ন এলাকায় এ ধরনের আকস্মিক বন্যা হতে পারে। কৃষি, মৎস্য ও গবাদিপশু ক্ষতিগ্রস্ত হলে খাদ্য নিরাপত্তায় এটি একটি উল্লেখযোগ্য প্রভাব ফেলতে পারে। এটি পুনর্নবীকরণ মুদ্রাস্ফীতিও হতে পারে।